Obróbka PDFów przy użyciu pakietów biurowych jes tdo pewnego stopnia możliwa, ale mało wygodna. LibreOffice wczyta PDFa strona po stronie jako plik graficzny. Wszystko da się przeorganizować, ale przez manipulacje interfejsem, albo przez makro. Szkoda zachodu.
To samo, tylko strona po stronie osobno, da się zrobić Inkscape'em. Inkscape daje pewną możliwosć automatyzacji bez pisania makr, ale nie sądzę by obejmowała ona wszystkie operacje, które będą ci potrzebne.
Istnieje oprogramowanie przeznaczone specjalnie do obróbki pdf-ów. Jednym z nich jest pdftk. Używam go często i od dawna, ale o ile wiem nie ma on opcji wycinania fragmentu ze strony.
Pamiętam, że było podobne narzędzie do wycinania fragmentów stron, nie używałem go od lat i nie pamiętam nazwy.
Z krótkiego researchu znalazłem jeszcze PDFill (pdfill.com). Jest to interfejs użytkownika do wybranych funkcji Ghostscripta (podstawowego interpretatora języków PostScript i PDF w świecie wolnego i otwartego oprogramowania). PDFill ma licencję komercyją i wersję free; wygląda na to, że potrafi wykonać funkcję crop, tzn. wyciąć fragment strony do sobnego pliku. Z opisu (
https://www.pdfill.com/document_rotate_crop_action.html) wynika też, że czynności da się zautomatyzować z wiersza poleceń. Nie używałem, nie mam więc zdania, jak to funkcjonuje w praktyce.
W WWW zgłasza się trochę serwisów online gotowych wykonać tę czynność. Nie wiem co one naprawdę robią; nie wiem czy nie jestem paranoikiem, ale w takich przypadkach podejrzewam, że usługa może być pretekstem do włączenia przesłanego dokumentu do jakiegoś korpusu, np. dla celów analizy statystycznej. Ja w każdym razie na takie coś się nie godzę.